“一二八” 淞沪抗战后，蒋介石密令十九路军到福建“剿共”。临委会领导人目睹十九路军的爱国行动受到压制，欲与十九路军合作，共谋反蒋抗日。黄琪翔向蔡廷锴提议派临委会成员随军到福建开展工作，获蔡廷锴同意。1932年7月，十九路军全部抵闽。蒋光鼐任福建省政府主席，蔡廷锴任驻闽绥靖公署主任。从1932年冬到1933年春，60多位在上海无法立足的临委会成员陆续到达福建，与原本在福建工作的临委会党员会合，共有100多人。临委会向十九路军建议实行“计口授田”——政府将农村土地全部没收，再根据孙中山“耕者有其田”的主张，按人口分配，每人均可分到一份土地。以此取得农民的支持，巩固地区政权。临委会多数人配合十九路军在闽西地区开展“计口授田”运动；部分人帮助十九路军培训干部，办军官训练班；还有些人继续在十九路军担任军职，包括旅长、团长、营长等职务，如丘学训化名丘适生在军部当秘书，周士第化名周力行任军部特务团团长。虽然蒋介石严令“剿共”，但十九路军官兵厌恶内战，要求抗日，反共并不积极。蔡廷锴知道丘学训的来历后更器重他，每月给他500元的活动经费。丘学训用这笔钱派陈雪华等两名临委会党员到闽南从事农民运动，着手建立农民武装。蔡廷锴曾答应丘学训，等参谋长黄强从法国购回军火后，给3000条新枪。但后来却变卦，只给了300条旧枪。但不管怎样，临委会在闽南的农民武装建立起来了。    1933年6月间，彭德怀的第三军团主力东进，十九路军区寿年师受到猛烈打击，损失过半。黄琪翔十分关注此事。他在上海寓所约集章伯钧、彭泽湘、麦朝枢等会面磋商，大家一致认为：“十九路军只有和中共取得联系，商谈合作，反蒋抗日，才有立足生存之可能。” 便转请陈公培与中国共产党联系。陈公培在上海设法转知了江西中央苏区，并秘密通知在福建的蔡廷锴。蔡廷锴派十九路军秘书长到瑞金，与中共代表进行谈判，并于1933年10月26日秘密达成抗日反蒋初步协定21条，从而解除了后顾之忧，加快了“福建事变”的发动进程。

1933年10月，李济深、陈铭枢邀请积极支持发动福建事变的临委会负责人黄琪翔、章伯钧、彭泽湘、麦朝枢以及其他反蒋力量的代表在香港李济深家中召开秘密会议，筹组福建人民革命政府，发动反蒋抗日。黄琪翔、章伯钧、麦朝枢等临委会负责人在会上提出“联共”建议。11月上旬，黄琪翔偕同章伯钧、郭冠杰、麦朝枢、彭泽民、丘哲等抵达福州。
11月18日，黄琪翔、章伯钧、彭泽湘、麦朝枢在福州东郊鼓山出席了李济深、陈铭枢主持的紧急会议，出席会议的还有冯玉祥的代表余心清，国民党民主派徐谦、陈友仁、李章达和蒋光鼐、蔡廷锴，以及十九路军全体高级将领。会议讨论、决定了发动事变的日期及成立人民革命政府的相关重大事宜。
11月20日，在陈铭枢、黄琪翔、章伯钧等人的具体策划下，来自全国20多个省、市和海外华侨代表、十九路军官兵、福建省福州市各机关团体代表与群众数万人在福州南校场召开“中国人民临时代表大会”，黄琪翔作为大会主席团主席主持大会，致开会词，并宣读彭泽湘起草的《人民权力宣言》。《人民权力宣言》痛斥了蒋介石卖国政府残杀人民，对日妥协，出卖国家，使民族危亡已到最后关头之罪行。大会一致通过了该宣言。当晚，黄琪翔主持召开了主席团会议，推选产生了由李济深、陈铭枢、陈友仁、冯玉祥（余心清代）、黄琪翔、蒋光鼐、蔡廷锴等13人组成的中华共和国人民革命政府委员会，一致选举李济深为主席。黄琪翔当选人民革命政府委员、军事委员会委员兼参谋团主任（即总参谋长），章伯钧任经济委员会委员和文化委员会委员兼土地委员会主任，丘哲任经济委员会委员兼贸易委员会主任，彭泽湘任人民革命政府秘书长，麦朝枢、万灿、詹显哲任人民革命政府秘书。中华共和国人民革命政府定福州为首都，将福建划为闽海、延平、兴泉、龙汀4个省和福州、厦门2个特别市，郭冠杰任延平省副省长。
当福建人民革命政府《人民权力宣言》刊出后，《大公报》于11月22日发表时评，认为“观前日大会通过之纲领，显以第三党之主张占十之八九，是目下闽局，实在第三党支配之下”。
临委会充分利用有利条件，在福州、厦门、闽北、闽西等地把开展群众工作和发展组织相结合，积极扩充组织。尤其在闽西，建立了以马鸿兴为团长、邓次侯为指导员的一支武装部队，共2000余人。部队以连城为中心，控制了闽西各县，闽西各县的地方武装都由马鸿兴指挥。冬季，黄琪翔派吴建东、戴剑青潜赴北平，任命苏体元为“第四方面军总指挥”，尽快集结冀南豫北一带的旧部，迅速渡过黄河，到鄂皖边境待命。陈铭枢对临委会的组织和军事活动很不满意，对临委会施加压力，要求临委会解散组织，共组新党——生产人民党，临委会拒不接受。蔡廷锴力劝黄琪翔“以团结内部，共赴时艰为重，免负分裂的政治责任。”黄琪翔与章伯钧、彭泽湘、郭冠杰等领导层反复商议，并召集在福建的干部和党员进行讨论。经反复磋商，为顾全大局，忍痛接受要求，策略地以“中国革命行动委员会中央干部会”名义宣告解散组织。参加福建事变的各党各派党员，一律退出原组织，参加由陈铭枢任总书记的“生产人民党”。
  蒋介石为镇压福建人民革命政府，派兵向福建大规模进攻，一面派飞机轰炸福州，一面调遣嫡系军队30个师包围福建，直指福州。大军压境，十九路军孤军奋战，但士气旺盛，英勇战斗，伤亡惨重。在战斗最激烈的时候，黄琪翔与蔡廷锴同赴前线视察。1934年1月13日，福建人民革命政府终因兵力悬殊而失败，历时未足两月。江董琴等5位临委会党员壮烈牺牲，“生产人民党”解体。